内部质量控制也不是万无一失的在大多数情况下，内部质量控制是基于对一个正常运行的分析系统的统计参数的估计值。因而对于统计控制限而言，质量控制受“两类错误”的控制，即受控的分析批偶尔会被拒绝(第一类错误)，而失控的分析批偶尔也会被接受(第二类错误)。更重要的是，内部质量控制通常无法识别影响单个试样分析结果的是偶然发生的粗大误差还是分析系统的短期波动。此外，基于内部质量控制结果的推论只适用于分析方法验证范围内的试样。尽管有这些限制，内部质量控制仍然是确保实验室检测数据质量可以依靠的最主要的手段。实验室如果能够正确实施内部质量控制，其效果是非常好的。

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